मालेगांव विस्फोट मामले में साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर की गिरफ्तारी पर लंबी दुविधा के बाद आखिर भारतीय जनता पार्टी के वरिष्ठ नेता लालकृष्ण आडवाणी ने अपनी चुप्पी तोड़ी. आडवाणी ने एटीएस पर मालेगांव विस्फोट मामले में राजनीतिक रूप से प्रेरित होने और गैर-पेशेवर तरीके से काम करने तथा साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर के साथ क्रूर बर्ताव करने का आरोप लगाया.
उन्होंने घटना की जांच कर रहे दल में बदलाव की भी मांग की. आडवाणी ने एक बयान जारी कर कहा कि प्रज्ञा सिंह ने एटीएस पर जो आरोप लगाए हैं और एटीएस ने जिस प्रकार से इस पूरे मामले में सेना पर आरोप लगाए हैं वह बेहद गंभीर है. इस पूरे मामले में एटीएस की भूमिका की न्यायिक जांच होनी चाहिए. साथ ही एटीएस की पूरी टीम को ही बदल देना चाहिए.
आडवाणी ने कहा कि अभी तक मैंने महाराष्ट्र एटीएस की ओर से साध्वी प्रज्ञा और उनके कथित सहयोगियों के खिलाफ लगाए गए आरोप के बारे में कुछ भी टिप्पणी देने से स्वयं को अलग रखा था लेकिन हलफनाम देखने के बाद मैं अपनी नाराजगी प्रकट करता हूं.