लिब्रहान आयोग ने अपने रिपोर्ट में बीजेपी एवं अन्य हिन्दू संगठनों के कई वरिष्ठ नेताओं को शामिल किया है जिसमें अटल बिहारी वाजपेयी को भी नहीं बख्शा गया है. इनमें अशोक सिंघल, बाल ठाकरे, मुरली मनोहर जोशी, उमा भारती, बीपी सिंघल, कल्याण सिंह, विनय कटियार, गोविंदाचार्य, गिरिराज किशोर, प्रवीण तोगडि़या, शंकर वघेला समेत कई अन्य नेताओं का भी नाम शामिल है. हालांकि इस रिपोर्ट में तत्कालीन कांग्रेसी प्रधानमंत्री पी वी नरसिंहराव का कही भी नाम नहीं है.
रिपोर्ट में शामिल नेताओं पर लिब्रहान ने देश में धार्मिक उन्माद फैलाने का आरोप लगाया है. इस रिपोर्ट में बताया जा रहा है कि आरएसएस के प्रमुख के एस सुदर्शन ने भी इन सारे कार्यों में महत्वपूर्ण भूमिका अदा की थी.