पुणे में हुए हमले की साज़िश पाकिस्तान में रची गई थी. पाकिस्तान में पांच फरवरी को हुई रैली में खुलेआम धमकी दी गई थी कि आतंकवादी, भारत के पुणे दिल्ली और कानपुर शहरों को निशाना बनाएंगे.
यह धमकी लश्कर के आतंकी अब्दुल रहमान मक्की ने दी थी. पांच फरवरी को लश्कर के फ्रंट ऑर्गेनाइजेशन ने कश्मीर डे पर रैली आयोजित की थी.
इससे एक दिन पहले पाकिस्तान के कब्ज़े वाले कश्मीर के मुज़फ़्फ़राबाद में भी आतंकी संगठनों की रैली हुई थी. इसमें लश्कर के अलावा हिज्बुल मुजाहिदीन के आतंकी भी शामिल हुए थे.