मुंबई हमले के मास्टरमाइंड हाफिज सईद की ओर से कथित रूप से दिल्ली में हमले की धमकी दिए जाने के बाद मथुरा में भी चौकसी बढ़ा दी गई है. श्रीकृष्ण जन्मस्थान परिसर व ब्रज के दूसरे संवेदनशील धार्मिक स्थलों सहित ऑयल रिफाइनरी की सुरक्षा बढ़ा दी गई है.
सरकारी सूत्रों से मिली जानकारी के अनुसार 1992 की अयोध्या की घटना के बाद सुप्रीम कोर्ट ने निर्देश दिया है कि श्रीकृष्ण जन्मस्थान की सुरक्षा के लिए शाही ईदगाह सहित पूरे परिसर की त्रिस्तरीय सुरक्षा व्यवस्था को चाक-चौबंद रखने के निर्देश दिए गए हैं और हर संदिग्ध शख्स और चीज पर नजर रखने को कहा गया है.