पुणे ब्लास्ट में लश्कर के साथ अभी इंडियन मुजाहिदीन का भी नाम आ रहा है. वैसे लश्कर और इंडियन मुजाहिदीन के बीच सांठगांठ की बात पहले ही कही जा चुकी है.ब्लास्ट के तरीके से भी शक की सूई मुजाहिदीन की ओर घूम रही है. जयपुर और वाराणसी में हुए धमाकों में इंडियन मुजाहिदीन का नाम आया था. पुणे ब्लास्ट के संदिग्ध के तौर पर इंडियन मुजाहिदीन के सदस्यों मोहिसन चौधरी और सलमान की तलाश की जा रही है.