मालेगांव धमाका मामले में तब नया मोड़ आ गया, जब मुंबई के आतंक निरोधी दस्ते ने सेना के दो रिटायर्ड अफसरों को पुणे से हिरासत में ले लिया.  इन पर बम बनाने में मदद का आरोप है. इस मामले में साध्वी प्रज्ञा पहले ही गिरफ्तारी हो चुकी हैं.