बाबा जब तक संन्यासी थे, योग सिखाते थे तब तक तो कोई बात नहीं थी, जब उन्होंने अपना साम्राज्य बढ़ाया तो विवादों का साया उन पर मंडराने लगा. उनकी दवाओं में जानवरों की हड्डियों का चूरा मिलाए जाने के आरोप लगे. उनके कई बयानों पर बवाल मचा.उनका साम्राज्य भले ही सवालों के घेरे में रहा हो, भले ही उन पर आरोप लगे हों, लेकिन बाबा के खिलाफ कोई भी आरोप साबित नहीं हो पाया है.