देश में आतंकवादी हमलों की जांच करने वाली सबसे बड़ी एजेंसी नेशनल इंवेस्टिगेशन एजेंसी (NIA) ने मालेगांव ब्लास्ट केस में साध्वी प्रज्ञा को क्लीन चिट दे दी है. 29 सितंबर 2008 को मालेगाव के अंजुमन और भीकू चौक पर जो धमाके हुए उसमें जिन 16 लोगों को पकड़ा गया था.