साल 1234 में दिल्ली के शासक शम्स-उद-दीन इल्तुतमिश ने मंदिर पर आक्रमण कर इस ध्वस्त कर दिया था. आक्रमण के वक्त मंदिर के पुजारियों ने भगवान महाकाल को एक कुएं में छिपा दिया.