हाइड्रोजन ईंधन सेल ट्रेन (Hydrogen train) एक ऐसी ट्रेन है, जो विद्युत ऊर्जा उत्पन्न करने के लिए हाइड्रोजन और ऑक्सीजन का उपयोग करती है. इसमें ईंधन सेल लगे होते हैं, जो हाइड्रोजन को ऑक्सीजन के साथ मिलाकर बिजली उत्पन्न करते हैं. यह बिजली ट्रेन को चलाने के लिए उपयोग की जाती है, और इस प्रक्रिया में केवल पानी और गर्मी उत्सर्जित होती है, जिससे यह शून्य-उत्सर्जन (zero-emission) प्रणाली बन जाती है.
भारत में भी जल्द ही हाइड्रोजन ईंधन सेल ट्रेन की शुरुआत होने वाली है. इसे दिसंबर 2024 तक कालका-शिमला मार्ग पर लॉन्च करने की योजना थी, लेकिन परीक्षण के दौरान पाई गई तकनीकी समस्याओं के कारण भारत की पहली हाइड्रोजन ईंधन सेल ट्रेन अब जून तक चल पाएगी (Hydrogen train India).