कालिंदी नदी (Kalindi River) भारत के पश्चिम बंगाल राज्य के उत्तर 24 परगना जिले में सुंदरबन और उसके आसपास बहने वाली ज्वारीय मुहाना नदी है. यह बांग्लादेश के सतखीरा जिले की सीमा पर है. इच्छामती हिंगलगंज के नीचे कई वितरिकाओं में विभाजित हो जाती है, जिनमें से प्रमुख हैं- रायमंगल, बिद्या, झिल्ला, कालिंदी और यमुना. ये सुंदरबन में विस्तृत मुहानाओं में फैल जाती है.
कालिंदी नदी का उल्लेख मुख्य रूप से भारतीय पौराणिक ग्रंथों में किया गया है. यह यमुना नदी का ही दूसरा नाम है, जो भारत की प्रमुख नदियों में से एक है.
कालिंदी को श्रीकृष्ण की कथा में एक विशेष स्थान प्राप्त है. माना जाता है कि यमुना तट पर श्रीकृष्ण ने गोपियों के साथ रासलीला की थी.
"कालिंदी" नाम का अर्थ है "काला रंग" जो यमुना के गहरे नीले रंग के कारण पड़ा. महाभारत में भी कालिंदी का उल्लेख आता है. इसे सूर्य की पुत्री कहा गया है.