बदायूं की शमसी शाही जामा मस्जिद के नीचे नीलकंठ महादेव मंदिर होने का दावा किया जा रहा है. हिंदू पक्ष ने पुरातत्व विभाग के सर्वेक्षण और गजेटियर का हवाला देते हुए कहा कि मस्जिद प्राचीन मंदिर की जगह पर बनाई गई. मुस्लिम पक्ष का कहना है कि 1223 ईसवी में अल्तमश ने मस्जिद बनवाई थी. संभल हिंसा के बाद यह मुद्दा फिर सुर्खियों में आया है. प्लेसेस ऑफ वर्शिप एक्ट पर भी बहस छिड़ी है.